1 利用土壤微生物防治辣椒土传病害和根部病害
土壤微生物虽然肉眼看不见，但是数量庞大，作用巨大。作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用。土壤微生物还可以分解矿物质，促进土壤中难溶性物质的溶解。微生物还可以降解土壤中残留的农药、污物和废弃物等，把他们分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。因此，耕作前有针对性地调节土壤环境，向土壤中添加有机质，如作物秸秆、腐熟的厩肥、绿肥、纤维素、木质素、几丁质等，可以提高土壤碳氮比，增加土壤透气性，调节土壤酸碱度，增加植株根部有机营养，有利于拮抗微生物的发育，能显著减轻一些土传病害和辣椒根部病害。
2 利用生物活体天敌防治害虫
天敌昆虫是一种寄生或捕食其他昆虫的昆虫，他们的常态存在能长期控制农田害虫的发展和蔓延，既避免环境污染，又维持生态平衡。华北地区辣椒田常见的有捕食性瓢虫、草蛉虫、蜘蛛、螳螂、食蚜蝇、捕食螨等多种害虫的天敌。如利用捕食性瓢虫防治椒田蚜虫、红蜘蛛和其他一些害虫的幼虫和卵，1头七星瓢虫成虫可吃蚜虫 100头/d，一生能吃蚜虫5 000头左右。各龄幼虫平均可吃蚜虫80头/d，其中4龄幼虫食量最大，能吃250头/d左右。蜘蛛作为害虫天敌，具有繁殖量大、不易死亡、自然界存活率高、耐饥、食量大、捕食时间长、捕食害虫种类多等特点，能捕食多种害虫，比如飞虱、螟虫、蚜虫、棉铃虫的卵和低龄幼虫、蟋蟀的1~3龄幼虫等。这些天敌由于其独特作用也被称为天然无污染的“活农药”。
2.1 创造条件保护自然天敌
椒田里都有丰富的天敌资源，要因地制宜地采取有力措施，创造有利于这些天敌昆虫适宜存在的环境。比如在5月辣椒定植后，于椒田宽行内或畦梁上 挖口径15～20 cm、深10～ 15 cm的碗形蜘蛛窝，窝底放土块2～3个，其上盖麦草，再压1～2个土块。挖窝1 125～1 800个/hm2，创造了适宜生境，可招引蜘蛛大量迁入椒田。辣椒定植后也可在地里插种玉米，5月上中旬，在椒田内按3.3 m×3.3 m的距离定穴播种玉米，每穴种4株。玉米植株高大，可降温增湿，改变田间小气候，招引瓢虫等大量天敌。
2.2 慎用杀虫农药
避免使用毒性强的杀虫农药，因为杀虫剂对昆虫的选择性有限，一般能有效防治害虫的杀虫剂，多数也会杀伤害虫天敌。在一般情况下，由于天敌种群数量的恢复比害虫要慢得多，容易失去天敌对害虫的自然控制能力，在一定时间内反而会造成害虫大量发生。
3 利用生物制剂防治病虫害
生物制剂即利用从生物活体或其代谢产物提取和完全仿生合成的制剂，由于这类制剂非化学合成，来自生物体，其有效活性成分完全存在和来源于自然生态系统，它的最大特点是极易被日光、植物或各种土壤微生物分解，是一种来源于自然，又回归于自然的正常的物质循环方式。因此，它们对自然生态环境安全、无污染，防治效果又好，被称为天然农药。不同辣椒病虫害有不同的防治方法。
病毒病
病毒病在辣椒产区常有发生，危害严重，是辣椒产区的主要病害之一，近年来该病发生呈上升趋势。常见有种典型症状类型，
1、花叶型：典型症状是病叶、病果出现不规则退绿、浓绿与淡绿相间的斑驳，植株生长无明显异常，但严重时病部除斑驳外，病叶和病果畸形皱缩，叶明脉，植株生长缓慢或矮化，结小果，果难以转红或只局部转红，僵化。
2、黄化型：病叶变黄，严重时植株上部叶片全变黄色，形成上黄下绿，植株矮化并伴有明显的落叶。
3、坏死型：包括顶枯、斑驳环死和条纹状坏死。顶枯指植株枝杈顶端幼嫩部分变褐坏死，而其余部分症状不明显；斑驳坏死可在叶片和果实上发生，病斑红褐色或深褐色，不规则型，有时穿孔或发展成黄褐色大斑，病斑周围有一深绿色的环，叶片迅速黄化脱落；条纹状坏死主要表现在枝条上，病斑红褐色，沿枝条上下扩展，得病部分落叶、落花、落果，严重时整株枯干。
4、畸形型：叶片畸形或丛簇型开始时植株心叶叶脉退绿，逐渐形成深浅不均的斑驳、叶面皱缩、以后病叶增厚，产生黄绿相间的斑驳或大型黄褐色坏死斑，叶缘向上卷曲。幼叶狭窄、严重时呈线状，后期植株上部节间短缩呈丛簇状。重病果果面有绿色不均的花斑和疣状突起。
疫病
主根染病初出现淡褐色湿润状斑块，逐渐变黑褐色湿腐状，可引致地上部茎叶萎蔫死亡。茎染病多在近地面或分叉处，先出现暗绿色、湿润状不定形的斑块，后变为黑褐色至黑色病斑。病部常凹陷或缢缩，致使上端枝叶枯萎。叶片染病出现污褐色边缘不明显的病斑，病叶很快湿腐脱落。果实染病多从蒂部开始，出现似热水烫伤状、暗绿至污褐色、边缘不明显的病斑，可使局部或整个果实腐烂，逐渐失水后成为黑褐色僵果可残留在枝条上。上述各染病部位的病斑在天气潮湿时，表面可长出一层稀疏的白色霉层，这是病菌的孢囊梗和孢子囊。疫病在辣椒田里表现出明显的中心病株和发病中心，发病中心多形成在低洼积水和土壤黏重地带。受害植株上部叶色深，下部褪绿，叶片由下向上萎蔫，脱叶直至死亡。叶上病斑初呈水渍状，后扩展成近圆形或不规则形大病斑，病叶暗绿色，易枯缩脱落。果实多在蒂部发病，病斑水渍状扩展形，向果面和果柄发展，病果呈灰绿色，后灰白色软腐，有时有深绿色同心轮纹。病果可干缩而不脱落，潮湿天气病果可产生稀疏白色霉层。
灰霉病
辣椒灰霉病可侵染幼苗及成株，幼苗染病时子叶变黄，而幼茎缢缩，病部易折断，致使幼苗枯死。成株染病，叶片呈“V”字型褐色病斑，湿度大时生有灰色霉状物。茎染病时，出现水浸状不规则条斑，逐渐变为灰白色或褐色，病斑绕茎一周，其上端枝叶萎蔫死亡，潮湿时其上长有霉状物，状如枯萎病。花器或果实染病，呈水浸状，有时病部密生灰色霉层。
辣椒炭疽病
辣椒炭疽病主要危害果实和叶片，也可侵染茎部。三种：黑色炭疽病、黑点炭疽病、和肉色炭疽病，症状相似，初为水渍状，后期扩大为中间凹陷的灰褐色病斑。叶片染病，初呈水浸状褪色绿斑，后逐渐变为褐色。病斑近圆形，中间灰白色，上有轮生黑色小点粒，病斑扩大后呈不规则形，有同心轮纹，叶片易脱落。果实染病，初呈水渍状黄褐色病斑，扩大后呈长圆形或不规则形，病斑凹陷，上有同心轮纹，边缘红褐色，中间灰褐色，轮生黑色点粒，潮湿时，病斑上产生红色粘状物，干燥时呈膜状，易破裂。
蚜虫
防治措施： 在蚜虫的防治中，一是要清除四旁及田间杂草，减少蚜虫的寄主植物。二是在秧苗移栽前2～3天施药治蚜，防止苗床蚜虫进入田间。三是与其它作物间、套作种植，为害虫天敌提供栖息场所，实现害虫的自然控制，减少田间用药。
可用1%苦参碱乳油500倍液，或7051杀虫素3 000～4 000倍液喷雾，也可用5%除虫菊素乳油1 000～1 500倍液防治。
棉铃虫
①冬耕冬灌，可消灭越冬蛹；②利用成虫有强趋光性，可采用黑光灯诱蛾；③在番茄田设置诱捕器，应用长效型棉铃虫性诱剂诱杀雄蛾，干扰自然交配，压低种群数量；④在产卵期可释放赤眼蜂，每公顷15万～30万头，间隔5d连放3～5次，寄生率维持在80%左右能有一定成效
茶黄螨
由于茶黄螨具强烈的趋嫩性，主要在作物的顶芽嫩尖初生长的部位分布最密，为害最烈，所以打药要着重在这些幼嫩部位。防治措施： 可采用各种杀螨剂喷药防治，
