总的原则以防为主，防治结合，标本兼治，早发现，早控制。

　　1.在春季池塘放水前要彻底清除池底的淤泥并进行晒底处理，因为池塘底泥中一般存在大量微囊藻的休眠孢子及其它病原微生物，通过清底和晒底是从根本上去除微囊藻及其他鱼病发生的内在基础。在放鱼两个星期前后用生石灰进行消毒处理，池中留有5～10厘米深积水，池底周边挖几个小坑，每亩使用生石灰60～75公斤，化浆后全池遍洒。用量可根据塘中底泥的多少而有所增减。施用后搅动水体效果更好，消毒时不留周边死角。生石灰的药效消失时间大概为7～10天。

　　2.消毒后施肥进行肥水：一般将池塘水深保持在30～40厘米，将生物有机肥如发酵好的鸡粪、猪粪等有机肥，每亩150～250公斤，全池洒施或者把生物有机肥化水全池泼洒，3～5天后池水成含有大量有益藻类如鞭毛藻类等为主，利用这些有益藻类的大量生长繁殖压制微囊藻等有害蓝藻的生长。颜色呈现茶色或茶褐色为最佳，淡绿色或翠绿色次之。此后视水质变化情况进行追肥，一般晴好天气为主20天后可追施，阴天为主则15天后追施，使水质达到肥而活、嫩且爽。同时，施生物有机肥时，应开启增氧设施，防止生物有机肥分解时耗氧大，造成池塘缺氧。

　　3.合理搭配养殖品种。适当套养可以取食微囊藻的罗非鱼。对于以吃食性鱼虾为主的养殖池塘，苗种投放一周左右就要投放规格平均为100克左右的鲢鳙鱼种，鲢和鳙鱼比例为4～5:1，每亩投放300尾左右，利用这些滤食性鱼类控制微囊藻的发生。

　　4.适当移栽一些水生植物（水草）尤其是蟹池，水草能吸收水体中氮、磷营养盐,降低氨氮浓度,缓解水体富营养化，可以利用香蒲、水葱、浮萍、菹草等天津常见水草与微囊藻争夺营养盐、光照等，抑制微囊藻的大量生长繁殖，同时还可以改良水质，防止水质老化。

　　5.合理使用微生物制剂。微生物制剂可用作以下几个方面：降低水体氨氮、亚硝酸氮、硫化氢等有害物质，有“净水作用”；加快有机物分解，促进藻类繁殖，有"肥水作用"，以含有芽孢杆菌、乳酸菌为主的微生物制剂效果明显，可保持水质"肥而不脏"、“肥而不老”；抑制有害细菌，起防病作用，如含有乳酸菌、链球菌的微生物制剂；加快水体净化速度，促进物质循环，主要起稳水作用，以复合菌为主。正确使用微生物制剂需要注意以下几点：一是微生物制剂的生长繁殖需要一定的条件，因而改善活菌的生存环境是很必要的。硝化细菌、芽孢杆菌均是好氧菌，只有在氧气充足的条件下才能繁殖，因而缺氧条件下，不适合使用以上述菌种为主要成份的产品。光合细菌需要光照、无氧条件，无光或氧气高不利于繁殖，所以良好的水质（如藻类丰富等）中，使用光合细菌作用不大。在正常的水体，光合细菌主要在底层及温跃层上方起作用。光合细菌因其耗氧量不大，阴雨天可以使用，但目前市场上很多光合细菌产品因含有大量的培养基，也不宜在阴雨天使用。又如氨氮、硫化物、有机物等的存在也是部分活细菌繁殖的条件，因此彻底排污不利于微生物的繁殖，影响净水能力的提高，如水清的池塘易臭就有这种原因。因而适当地减少排污，为微生物的繁殖提供适宜的条件是必要的。二是施用活菌制剂的意义等于种庄稼“播种”一样，因而只有在水体中缺少“种子”时效果才明显。如清塘、水变或用药后使用效果好。又如养殖后期，亚硝酸盐偏高，使用各类微生物制剂效果都不好，原因是此时水体中不缺乏"种子"，而是缺少活菌繁殖的条件溶氧。三是活菌的代谢终产物要解决出路，效果才明显。代谢终产物过高时，如硝酸盐过高，反而会促进反硝化作用，硝酸盐又会转化为亚硝酸盐，因而藻类对硝酸盐的利用也会增强活菌的使用效果。如清水施用活菌效果差这就是其中一个原因。四是活菌的繁殖需要一定的基质或载体，即细菌繁殖的"温床"。池塘中活菌的主要基质是悬浮的泥土颗粒、有机物质，因而适当浑水有利于细菌的繁殖，这也是泥浆水反而不臭的原因之一。五是不同的使用空间（或水层），选择不同的产品及使用方法。底臭时除加大底层增氧外，可使用固体活菌制剂；表层水有机质较多时可用麦麸、米糠等漂浮性强的载体与上述活菌制剂拌后泼洒使其浮在水面；水体使用时以溶于水后泼洒效果更明显。六是注意活菌的敌害及竞争对象的影响。原生动物、轮虫、枝角类等浮游动物都能摄食活菌，这些生物数量多时施用活菌制剂效果不好。藻类与自养型微生物如光合细菌、硝化细菌有竞争作用，因而藻类过多时不利于这些菌的繁殖。反之，用它们控制藻类的繁殖必须加大用量。

　　6.池塘综合养殖循环水技术是利用生物食性净化水质，实现水体循环利用的一种养殖方式，从而达到低碳、节水的目的。方法是利用池塘周边的空地或水沟，围成能蓄水的围垦区域，并使之形成一定的流向。在区域内合理种植水生植物如水浮莲、水花生等一些适合污水中生长的生物，同时放入部分适用能力较强的鱼类，如鲤鱼、罗非鱼等，把养殖池中底层污水定期排入该区域，经生物吸收转化后再抽至养殖池塘利用。

　　7.要注意日常对养殖池塘的“看水”观察,通过看水及时发现微囊藻的发生和发展状况，以便及时采取相应的措施。狭义的“看水”通常就是指的看水色。水色取决于很多因素，但在鱼池肥水中主要由浮游生物，特别是浮游植物的大量繁殖所引起。因不同的浮游植物含有不同的色素而呈现不同的体色，其水体也呈现相应的颜色。因此，通过观察水色便可了解水中所含浮游植物的种类。也就为判断水质优劣提供了依据。当然，“看水”还可扩展到更为广泛的内容。如测水的透明度、嗅水味、触摸水的性状、观察水中生物活动状况等。如果水色呈现蓝绿色、蓝色或灰绿色，水体表面形成一层油漆状薄膜，则水体中一般含有大量的微囊藻等蓝藻。

　　8.除了每天看水外，还要定期从养殖池塘取样检测主要水化指标如酸碱度、氨氮、亚硝酸盐等和浮游生物如各种浮游及轮虫等浮游动物密度情况，一旦发现出现微囊藻应及时采取措施趁微囊藻数量还不是很大的情况下及早采取措施斩草除根。推荐使用无污染环保的中草药抑藻剂小檗碱杀灭微囊藻，使用时注意采取增氧措施，并随后使用解毒药物，药物随着微囊藻被大量杀死会释放出大量有毒物质。还要注意当微囊藻大量死亡后，应及时调节水质，改善水体藻类组成，要注意把漂浮在水体表面的死亡藻类放掉，向池塘中引进富含有益藻类的肥水或引入有益藻类的藻种并加注新水，利用有益藻类的大量生长繁殖来防止有害蓝藻的复发。

　　9.对于已经大面积发生微囊藻水华的池塘，还可以利用微囊藻喜强光的特性，在晴天的中午和下午抽取水体表层富含微囊藻的表层水，降低水体中微囊藻及其毒素含量，然后再全池泼洒小檗碱杀灭微囊藻细胞，同样注意采取增氧措施，并随后使用解毒药物或大量注入新水，如果由于大量注入新水使水色变淡，接下来可以通过追施有机肥或无机肥来肥水，一般每亩施磷肥磷酸二氢钙5公斤，氮素2.5公斤，对于没有清除池塘底质淤泥的，不用施氮肥，单独用磷肥即可，因为底泥中的氮素可以不断释放，同样起到肥水的效果，有条件的定期使用一些微生态制剂如光合细菌来促进水体中营养物质走向良性循环。

　　10.对于大型水体使用药物杀灭微囊藻考虑到费用问题不太现实，就要综合应用或组合应用以上提到的1～6项方法。